El programa de Maestría en Estudios Transdisciplinares en Ciencia y Tecnología se propone como un posgrado orientado a la investigación transdisciplinar, con duración de cuatro semestres en modalidad escolarizada que busca que el egresado sea capaz de identificar y definir problemas complejos a través del trabajo colaborativo para generar conocimiento, proponer soluciones desde un campo disciplinar articulado a otros campos disciplinares y abordar temas socialmente relevantes con el objetivo de trascender paradigmas disciplinarios, en un intento de crear una unidad de conocimiento que genere un proyecto holístico de investigación reflejado en un trabajo de tesis.
 
Los estudiantes de la Maestría en Estudios Transdisciplinaes en Ciencia y Tecnología participan de un proceso en el que miembros de diferentes áreas de estudio, trabajan de manera conjunta para desarrollar nuevos marcos conceptuales y metodológicos para producir aproximaciones teóricas trascendentes a sus disciplinas de formación superior. 
 
En la investigación transdisciplinar se parte de la definición de un problema que es independiente de las perspectivas disciplinares. A partir de éste, se plantean las preguntas de investigación que derivan de problemas del mundo real, que posteriormente se dividen en sub-problemas para ser abordados de manera articulada por las diferentes disciplinas. Finalmente, se integran los resultados para proponer soluciones acordes a la complejidad del problema. La investigación transdisciplinar, entonces, va más allá de la academia e incluye la articulación a las diferentes partes interesadas: gobierno, sociedad civil y otros grupos no académicos. 
De este modo, la transdisciplinariedad propuesta como perspectiva del posgrado puede ser vista como un conjunto de redes innovadoras de colaboración que enfatizan la necesidad de un marco teórico de base, la movilidad del conocimiento y el aprovechamiento de la innovación, puesto que desde la propuesta de un nuevo paradigma de la investigación, un problema no puede ser actualmente afrontado desde una sola disciplina.
 
Así, la Maestría en Estudios Transdisciplinares en Ciencia y Tecnología pretende impulsar la investigación a través de tres Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento: Biotecnología, Salud y Sustentabilidad; Contexto sociocultural, cognición y comportamiento y, Tecnología de Materiales, Sistemas Complejos y Sustentabilidad. El propósito principal es que la comunidad universitaria sea capaz de afrontar el estudio científico de los fenómenos que emergen debido a las características multiculturales, demográficas, socioeconómicas y tecnológicas de de la Zona Norte de Jalisco y Sur de Zacatecas, así como el abordaje de problemas nacionales.